Ernst Ziller wurde 1837 in Oberlausitz in Sachsen geboren. Im Jahr 1858 absolvierte er die Königliche Schule für Architektur der Polytechnischen Hochschule von Dresden. Er lernte an der Seite des dänischen Architekten Theophilos Hansen. Diese Bekanntschaft sollte auch seine berufliche Karriere weitgehend beeinflussen, da Hansen ihn im Jahr 1861 nach Athen schickte, wo er das Werk der Errichtung der Athener Akademie beaufsichtigen sollte. Ziller blieb bis zur Vertreibung von Otto in Athen. Während dieses Zeitraums studierte er die antiken Monumente, veröffentlichte Studien über den Parthenon-Tempel und heiratete eine Griechin. Später kehrte er nach Griechenland zurück, wo er sich 1868 ständig niederließ. Im Jahr 1872 wurde er Professor an der Schule der Künste, sowie später an der Nationalen Polytechnischen Hochschule („Metsovion-Universität“).

Auf Grund seiner Stellung an der Technischen Hochschule sowie seiner Begünstigung durch König Georg I., aber auch dank seiner nie angezweifelten Fähigkeiten übernahm Ziller in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts in Athen die Errichtung äußerst bedeutender öffentlicher und privater Gebäude. Die Gebäude von Ziller sind unmittelbar zu erkennen, da die öffentlichen Gebäude einerseits im Geiste des griechischen Klassizismus oder der byzantinischen Tradition stehen, wohingegen seine Privatbauten in den ersten Jahren seines Schaffens vom Athener Neoklassizismus sowie später vom Eklektizismus geprägt sind.

Auch wenn sein Werk nicht vollständig katalogisiert wurde (die ihm zugeschriebenen Gebäude belaufen sich auf über 600), so gehören jedoch zu seinen bedeutendsten Werken die meisten Bauten der königlichen Familie, das Königliche Theater von Athen, das Theater von Patra und von Zakynthos, das Archäologische Museum von Olympia, die Zentrale Post, das Chemie-Labor, die Agora von Pyrgos, die Kirche Agios Loukas von Patissia, die Kirche Faneromeni in Aigio, die meisten Gebäude in Lavrio, das Schliemann-, Pesmatzoglou-, Stathatou- und Syngrou-Megaron sowie natürlich das Gebäude des griechischen Generalkonsulats in Thessaloniki.