Μόνιμη έκθεση 1989-2008

Με τη μορφή αυτή το Μουσείο σχεδιάστηκε το 1989 από το σκηνογράφο Γιώργο Ανεμογιάννη. Το ισόγειο φιλοξενεί φωτογραφικό υλικό σε μεγέθυνση (μέρος της εντυπωσιακής συλλογής του Μουσείου), χάρτες, ιστορικά έγγραφα, μικρά διοράματα, ποικιλία οπλισμού και στολών, καθώς και προσωπικά αντικείμενα Μακεδονομάχων. Ανάμεσά τους ξεχωρίζουν το περίστροφο και το μαχαίρι του Παύλου Μελά. Στον κύριο εκθεσιακό χώρο, το υλικό παρουσιάζεται σε έξι αίθουσες και καλύπτει την περίοδο 1870-1912:

• Στην αίθουσα Α΄ δίνονται συνοπτικά δείγματα των απελευθερωτικών αγώνων του Ελληνισμού της Μακεδονίας ως τις αρχές του 20ού αιώνα.
• Στην αίθουσα Β΄ παρουσιάζονται οι πρωτεργάτες του ελληνικού ξεσηκωμού κατά της δράσης των βουλγαρικών ενόπλων ομάδων.
• Η αίθουσα Γ΄ είναι αφιερωμένη στη συστράτευση και την προσφορά των αμάχων στο Μακεδονικό Αγώνα.
• Στην αίθουσα Δ΄ αναπαρίσταται το γραφείο του γενικού προξένου Λάμπρου Κορομηλά.
• Η αίθουσα Ε΄ είναι αφιερωμένη στον αγώνα των ένοπλων ελληνικών ομάδων κατά τη δραματική περίοδο 1904-1908.
• Τέλος, η αίθουσα Στ΄ είναι αφιερωμένη στην απελευθέρωση της Μακεδονίας από τον οθωμανικό ζυγό. Στον ίδιο χώρο λειτουργεί βάση δεδομένων με την τεχνική των πολυμέσων για χρήση των επισκεπτών, στην οποία είναι καταχωρημένα στοιχεία και τεκμήρια για 4.500 Μακεδονομάχους.

Στον πρώτο όροφο εκτίθενται αυθεντικές φορεσιές Μακεδονομάχων και κειμήλια από τους Βαλκανικούς Πολέμους. Στον ίδιο χώρο βρίσκονται οι προτομές της Πηνελόπης Δέλτα και του Φρηγορίου Φαληρέα (καπετάν Ζάκας).

Στην αίθουσα πολλαπλών χρήσεων στο ίδιο επίπεδο, εκτίθεται η συλλογή μικρογραφιών των οχημάτων του Ελληνικού Στρατού, από τη συλλογή του Αλέξανδρου Χαΐτογλου.

Στους τοίχους των κλιμακοστασίων του μουσείου είναι ανηρτημένες οι προσωπογραφίες των σημαντικότερων ελλήνων μακεδονομάχων, τόσο αξιωματικών και υπαξιωματικών του Ελληνικού Στρατού όσο και απλών ιδιωτών.

Τέλος στο υπόγειο παρουσιάζονται τέσσερα διοράματα σε φυσικό μέγεθος και ένα σε μικρότερο με σκηνές του Μακεδονικού Αγώνα.