Η αρχική έκθεση του Μουσείου Μακεδονικού Αγώνα σχεδιάστηκε από τον Κωνσταντίνο Μαζαράκη-Αινιάνα. Το 1990 αναμορφώθηκε ριζικά από το διάσημο σκηνογράφο Γιώργο Ανεμογιάννη. Το 2009 χάρη στο Επιχειρησιακό Πρόγραμμα «Πολιτισμός» ανακαινίστηκε ο εκθεσιακός χώρος με βάση νέες μουσειακές αντιλήψεις και με διαδραστικές εφαρμογές.

Στις επτά αίθουσες του ισογείου προβάλλονται παραστικά οι κυριότερες φάσεις της ιστορίας της Μακεδονίας του 19ου και των αρχών του 20ού αι. Και οι κοινωνικές, οικονομικές, πολιτικές και στρατιωτικές εξελίξεις που επηρέασαν αποφασιστικά το μέλλον του Ελληνισμού της περιοχής:

• Αίθουσα Α΄: Αγώνες για την Ελευθερία
  Τα ελληνικά επαναστατικά κινήματα στη Μακεδονία κατά τον 19ο αιώνα
• Αίθουσα Β΄: Η Μακεδονική κοινωνία
  Η κοινωνία της Μακεδονίας στα τέλη του 19ου αιώνα
• Αίθουσα Γ΄: Το Γενικό Προξενείο της Ελλάδας στη Θεσσαλονίκη
  Αναπαράσταση του γραφείου του Γενικού Προξένου
• Αίθουσα Δ΄: Χαρακτηριστικά του Αγώνα
  Η στελέχωση των ελληνικών ανταρτικών σωμάτων
• Αίθουσα Ε΄: Ο Αγώνας στις πόλεις και τα χωριά
  Η διαμόρφωση του ελληνικού αγώνα στην ύπαιθρο και στις πόλεις και ο ρόλος του κλήρου
• Αίθουσα Στ΄: Το τέλος του ένοπλου Μακεδονικού Αγώνα
  Οι Βαλκανικοί Πόλεμοι οδηγούν στην ένωση της Μακεδονίας με την Ελλάδα
• Αίθουσα Ζ΄: Μετά τον Μακεδονικό Αγώνα
  Η εξέλιξη της Μακεδονίας μετά τη λήξη των Βαλκανικών Πολέμων

Στον πρώτο όροφο, στην αίθουσα πολλαπλών χρήσεων:

• Φιλοξενούνται περιοδικές εκθέσεις
• Προβάλλεται η ταινία «Ο Μακεδονικός Αγώνας» στην ελληνική, αγγλική, γαλλική και γερμανική γλώσσα
• Υλοποιείται η εκπαιδευτική οπτικοακουστική παραγωγή «Πορεία στη Μακεδονία με τον Παύλο Μελά»

Τέλος στο υπόγειο παρουσιάζονται τέσσερα διοράματα σε φυσικό μέγεθος με σκηνές του Μακεδονικού Αγώνα.