In seiner heutigen Form wurde das Museum im Jahr 1989 von dem Regisseur Giorgios Anemogiannis konzipiert. Das Erdgeschoss beherbergt Fotomaterial in Vergrößerung (Teil der beeindruckenden Sammlung des Museums), Karten, historische Dokumente, kleine Schaubilder, eine Vielzahl an Waffen und Gewändern sowie persönliche Gegenstände der Makedonienkämpfer. Darunter sind insbesondere der Revolver und das Messer von Pavlos Melas von Bedeutung. In den Haupträumlichkeiten der Ausstellung ist das Material auf sechs Säle verteilt und umfasst den Zeitraum 1870-1912:

• Im Saal A' befindet sich ein zusammenfassender Überblick über die Befreiungskämpfe der Griechen Makedoniens bis zum Beginn des 20. Jahrhunderts.
• Im Saal B' werden die Vorkämpfer der griechischen Erhebung gegen die Aktionen der bulgarischen Truppen präsentiert.
• Der Saal C' ist der Einbeziehung und dem Beitrag der Zivilbevölkerung während des Makedonischen Kampfes gewidmet.
• Im Saal D' befindet sich eine Rekonstruktion des Büros des Generalkonsuls Lampros Koromilas.
• Der Saal E' ist dem Kampf der griechischen bewaffneten Truppen während der dramatischen Jahre 1904-1908 gewidmet.
• Saal F' ist schließlich der Befreiung Makedoniens vor der osmanischen Herrschaft gewidmet. In diesem Raum befindet sich außerdem eine Datenbank mit Multimedia-Material, die Einträge und Dokumente zu 4.500 Makedonenkämpfern enthält und von den Besuchern benutzt werden kann.

Im ersten Stock, der im Jahr 2003 mit der freundlichen Unterstützung der Stiftung „Stavros Niarchos“ renoviert wurde, werden authentische Gewänder von Makedonenkämpfern und Gegenstände aus den Balkankriegen ausgestellt. Konkret sind Gegenstände der serbischen, bulgarischen, griechischen und osmanischen Armee (Waffen, Orden, Militärabzeichen, Fotos usw.) zu sehen. Im gleichen Raum befinden sich auch die Büsten von Pinelopi Delta und dem General Othonaios.

Im Mehrzwecksaal auf der gleichen Ebene ist eine Sammlung von Miniaturen der Wagen der griechischen Armee zu sehen, die aus der Sammlung von Alekos Chaitoglou stammen.

An den Wänden des Treppenhauses des Museums befinden sich die Portraits der bedeutendsten griechischen Makedonenkämpfer, und zwar sowohl von Offizieren und Unteroffizieren der griechischen Armee als auch von einfachen Privatleuten.

Im Untergeschoss sind vier Schaubilder in natürlicher Größe sowie ein kleineres Schaubild mit Szenen aus dem Makedonischen Kampf zu sehen.