Το Μουσείο βρίσκεται στο κέντρο της Θεσσαλονίκης, δίπλα στο μητροπολιτικό ναό του Αγίου Γρηγορίου του Παλαμά. Είναι προσβάσιμο κυρίως με λεωφορείο ή με τα πόδια, για όσους διαμένουν εντός του ιστορικού κέντρου. Όσοι έρχονται από τη δυτική είσοδο της Θεσσαλονίκης μπορούν να χρησιμοποιήσουν τις λεωφορειακές γραμμές 3, 5, 6, 12, 39, 33 και θα πρέπει να αποβιβαστούν στη στάση «Μητρόπολη», στην οδό Μητροπόλεως. Όσοι έρχονται από την ανατολική είσοδο της πόλης μπορούν να χρησιμοποιήσουν τις λεωφορειακές γραμμές 3, 5, 6, 12, 33, 39 και να αποβιβαστούν στη στάση «Αγία Σοφία» στην οδό Τσιμισκή.

Κοντά στο μουσείο δεν υπάρχει δυνατότητα παρκαρίσματος, ούτε ελευθέρου, ούτε επί πληρωμή.