Το 1999 συστάθηκε από το σωματείο "Οι Φίλοι του Μουσείου του Μακεδονικού Αγώνα" το κοινωφελές Ίδρυμα Μουσείου Μακεδονικού Αγώνα. Αποτελεί Ν.Π.Ι.Δ. και εποπτεύεται από τα Υπουργεία (α) Πολιτισμού και Τουρισμού (Π.Δ. 14.1.1999, ΦΕΚ Β'36/26.1.1999), (β) Παιδείας, Δια Βίου Μάθησης και Θρησκευμάτων.

Σύμφωνα με το καταστατικό του, οι σκοποί του Ιδρύματος είναι αφενός η διατήρηση και διάδοση της μνήμης των αγώνων του Ελληνισμού για την απελευθέρωση της Μακεδονίας, ιδιαίτερα του Μακεδονικού Αγώνα, αφετέρου η επιστημονική μελέτη της νεότερης και σύγχρονης ιστορίας της Μακεδονίας.

Για την προώθηση αυτών των σκοπών το Ίδρυμα λειτουργεί με δύο βραχίονες:

1. τον εκθεσιακό χώρο του Μουσείου, που συγκεντρώνει, διασώζει και εκθέτει κειμήλια, προσωπικά αντικείμενα και φωτογραφικά αρχεία σχετικά με το Μακεδονικό Αγώνα,
2. το Κέντρο Έρευνας Μακεδονικής Ιστορίας και Τεκμηρίωσης (Κ.Ε.Μ.Ι.Τ.), που έχει ως σκοπό την επιστημονική μελέτη, παρουσίαση και διάδοση της νεότερης και σύγχρονης ιστορίας της Μακεδονίας.

Το Διοικητικό Συμβούλιο απαρτίζουν σήμερα οι

• Ιωάννης Χασιώτης, Πρόεδρος
• Αλέξανδρος Χαϊτογλου, Α΄ Αντιπρόεδρος
• Ελίζα Αλεξανδρίδου, Β΄ Αντιπρόεδρος
• Χρίστος Ζαφείρης, Γραμματέας
• Αθανάσιος Κόρδας, Ταμίας
• Παναγιώτης Δέντσορας, Σύμβουλος
• Αντώνης Δούδος, Σύμβουλος
• Αντώνης Οικονόμου, Σύμβουλος
• Λευτέρης Χατζόπουλος, Σύμβουλος
• Βασίλειος Νικόλτσιος, Διευθυντής Ιδρύματος

Επίτιμος πρόεδρος του Διοικητικού Συμβουλίου είναι ο Δημήτριος Ζάννας και επίτιμα μέλη οι

• Μανόλης Καφάτος
• Βιργινία Τσουδερού
• Ιωάννης Μαζαράκης Αινιάν