Nach dem schweren Erdbeben in Thessaloniki im Jahr 1978, das an dem Gebäude, in dem einst das Griechische Konsulat von Thessaloniki untergebracht war, beträchtliche Schäden verursachte, wurde das Gebäude renoviert und dem Verband „Die Freunde des Museums des Makedonischen Kampfes“ abgetreten, so dass dort Gegenstände und Zeugnisse dieses bedeutenden Kapitels der griechischen Geschichte untergebracht werden sollten.

Die Idee zur Gründung des Museums war jedoch schon viel älter. Wenige Jahre nach der Integration Makedoniens in Griechenland, also bereits im April des Jahres 1917, beschloss die Provisorische Regierung von Venizelos mit dem Dekret 2134, ein „Makedonisches Museum“ zu gründen, jedoch mit einem allgemeinen Charakter. In diesem Museum sollten die folgenden Gegenstände gezeigt werden:

alle beachtenswerten archäologischen Funde, welche die unterschiedlichen historischen und künstlerischen Stationen repräsentieren, die Makedonien durchlaufen hatte, von den frühesten Jahren bis zu den Jahren der Türkenherrschaft.

Die Aktionen für die Gründung eines Museums wurden in dem Jahrzehnt von 1940 von der „Makedoniki Filekpaideftiki Adelfotita“ (Makedonische Bildungs-Brüderschaft) vorangetrieben, und nach 1950 übernahm eine Gruppe an Privatpersonen, Menschen des öffentlichen Lebens sowie die Nachkommen bekannter Makedonenkämpfer die Initiative. In der Zwischenzeit war bereits das Archäologische Museum von Thessaloniki gegründet und die Gründung eines weiteren Museums für die byzantinische Zeit beschlossen worden.

Folglich bedurfte es einer in höherem Grade spezialisierten Einrichtung, die sich ausschließlich mit der Zeit des Makedonischen Kampfes beschäftigen sollte. Im Dezember des Jahres 1965 unterzeichnete also der damalige Premierminister Georgios Papandreou den erforderlichen Beschluss, der die Gründung des Museums des Makedonischen Kampfes im Gebäude des alten Generalkonsulats von Griechenland in Thessaloniki vorsah.

Diese Vision wurde am 27. Oktober 1982 Realität, als unser Museum vom damaligen Präsidenten der Republik Griechenland, Konstantinos Karamanlis, eröffnet wurde. Einige Jahre später übernahm eine spezielle Institution, die Stiftung des Museums des Makedonischen Kampfes, die Zuständigkeit für das Museum, die eng mit dem Verband der „Freunde des Museums des Makedonischen Kampfes“ zusammen arbeitet. Darüber hinaus sind im Vorstand der Stiftung gemäß der Gründungsakte auch drei Mitglieder des Verbandes vertreten.